De acuerdo con esto, luego de la revisión de los artículos demandados, la Corte resuelve lo siguiente:

En cuanto al Artículo 1 de la Ley 89 de 1890, la Corte entiende los contrastes de épocas y relaciona el contexto político de 1890 a la idea que se tenía de que todo aquel que fuera diferente, era considerado incivilizado. Además, entiende la función que se le dio a la Iglesia para intervenir las comunidades indígenas. Sin embargo, también resalta que la Constitución actual consagra el autogobierno indígena y la imposibilidad de que el Gobierno Nacional o las autoridades eclesiásticas puedan intervenir en la esfera del Gobierno Indígena.

Por otra parte, señala que los términos utilizados para referirse a los indígenas en este artículo, “desconocen tanto la dignidad de los miembros de las comunidades indígenas como el valor fundamental de la diversidad étnica y cultural”. Por tales razones, la Corte declara este artículo inexequible.

Para pronunciarse sobre el Artículo 5, la Corte lo divide y evalúa en tres componentes; la separación entre lo moral y lo jurídico, la autoridad encargada de poner la sanción y la sanción misma.

Encuentra que para las comunidades indígenas no existe la misma separación entre lo moral y lo jurídico que para el resto de la sociedad colombiana, pues lo moral se puede definir como el conjunto de usos y costumbres de cada comunidad y, en ese contexto, es posible que se señalen faltas en contra de ésta. Sobre la autoridad y la sanción, la Corte dice que lo expresado en el artículo 5 de dicha ley, es contrario al artículo 246 de la Constitución Política, sobre la autodeterminación de los pueblos indígenas, pues desconoce que cada comunidad tiene formas diversas de resolución de conflictos y de administración de justicia, de acuerdo con sus propias normas y procedimientos. 

La Corte declara la inconstitucionalidad de las limitaciones relacionadas con la autoridad competente y el contenido de la sanción establecidas en el artículo 5 de la Ley 89 de 1890. Además, reafirma la diversidad étnica de las comunidades. En cuanto al artículo 40 de la misma ley, la Corte lo considera inconstitucional, pero no por la razón alegada por los accionantes respecto a la mayoría de edad para obtener la ciudadanía en Colombia.

La Corte señala dos aspectos fundamentales para declarar la inexequibilidad de este artículo. En primer lugar, el artículo trata a los indígenas como incapaces relativos, por considerar que quienes no hacen parte de la “cultura occidental» son personas que necesitan cierta tutela del Estado. Además, la Constitución actual es plural y entiende a las comunidades indígenas como sujetos culturales plenos, diferentes y portadores de otros valores, con otras metas e ilusiones. 

En segundo lugar, en la Constitución del 91, con el fin de proteger la integridad territorial y cultural de los pueblos indígenas, se estableció la propiedad colectiva de los resguardos y las tierras comunales de las etnias. Esto quiere decir, por demás, que no pueden ser objeto de venta o transacción alguna por parte de ninguno de los miembros que conforman la comunidad indígena.